En WCS impulsamos tres grandes iniciativas nacionales complementarias entre sí que guían nuestras acciones de conservación desde distintos frentes. Estas iniciativas abordan desafíos clave para conservar las dinámicas de los ecosistemas de agua dulce amazónicos, conservar la fauna silvestre y mejorar la gestión de las áreas naturales protegidas y otras áreas de conservación in situ.
 
A través de la iniciativa Aguas Amazónicas buscamos asegurar la conectividad hidrológica de la cuenca amazónica, entendiendo que los ecosistemas acuáticos y terrestres están profundamente interrelacionados. Con la iniciativa Especies buscamos hacerle frente al tráfico de fauna silvestre, asegurar las condiciones sanitarias de la fauna bajo el enfoque de Una Salud, y la gestión apropiada de la fauna silvestre a nivel nacional. Por otro lado, con la iniciativa Áreas Protegidas buscamos fortalecer la gestión de los sistemas de áreas protegidas de administración nacional y regionales, así como de las áreas naturales protegidas y otras modalidades de conservación efectiva (OMEC) en el Perú.